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Gibbs dopo aver risolto alcuni casi autonomamente ritorna a capo del team. Il filo conduttore della stagione è legato a Tony, che inizia una relazione seria con Jeanne, una giovane dottoressa. Nel frattempo, per richiesta del direttore Shepard, Tony inizia a indagare sul trafficante di armi francese René Benoit, conosciuto anche come La Grenouille. Nell'ultimo episodio della stagione si scopre che Jeanne è la figlia del trafficante e che la relazione di Tony era solo una copertura per avvicinarsi a lui.