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Sei mesi dopo gli ultimi avvenimenti, Gordon è diventato un cacciatore di taglie che si impegna per rintracciare i metaumani evasi da Indian Hill, tra cui la resuscitata Fish Mooney, che ha reclutato alcuni dei mostri per formare una sua nuova banda. Al contempo Leslie Thompkins torna a Gotham, dopo aver cominciato una relazione con il figlio di Carmine Falcone, Mario. Gordon si ritrova anche coinvolto nelle vicende dello squilibrato ipnotizzatore Jervis Tetch, giunto in città per cercare la sorella scomparsa Alice. Nel frattempo Cobblepot concorre per diventare sindaco di Gotham, riuscendo a vincere le elezioni. Al contempo, mentre Gordon si ricongiunge al GCPD, il virus del sangue di Alice cambia in peggio molte persone tra cui Mario e il capitano Barnes. Dwight Pollard, un folle seguace del pazzo Jerome riesce a riportarlo in vita e questo, con una setta a lui ispirata, si prepara a compiere la sua vendetta contro la città e Bruce, finché non viene sconfitto da Bruce e Gordon. In seguito Gordon avrà a che fare con la famigerata Corte dei Gufi, che controlla segretamente Gotham e lavora per Ra's al Ghul, Bruce continua il suo allenamento per difendere la città, Oswald e Ivy cercano di reclutare un loro esercito di mostri ed Edward abbraccia il suo nuovo alter-ego de "l'Enigmista".