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In seguito all'attacco dei terrestri, che viene momentaneamente interrotto dalla pioggia di detriti provenienti dall'Arca, i sopravvissuti dei 100 (48, tra cui Clarke, Jasper e Monty) vengono rapiti e portati a Mount Weather, che avrebbero dovuto raggiungere al loro atterraggio. Le persone che abitano nel bunker di questa montagna si presentano a loro come dei salvatori riuscendo a convincere tutti, tranne Clarke, che riesce a scappare e a raggiungere i sopravvissuti dell'Arca. In realtà gli uomini della montagna rapiscono i terrestri e il popolo del cielo e utilizzano il loro sangue per curare le ferite da radiazioni che i loro corpi ricevono quando sono esposti. Clarke, anche se con qualche difficoltà, riesce a prendere le redini della situazione formando un'alleanza tra il suo popolo e quello dei terrestri, guidato dal comandante Lexa. L'alleanza guidata da Clarke e Lexa attacca Mount Weather grazie al sabotaggio di Bellamy che riesce a infiltrarsi all'interno della montagna. Al culmine della battaglia, però, Lexa stringe un patto con gli uomini della montagna, riuscendo a portare in salvo il suo popolo e lasciando Clarke e Bellamy disperati per i propri amici ancora prigionieri della montagna. Abbandonati e senza più un esercito, Clarke e Bellamy, con l'aiuto di Monty e Octavia, riescono a salvare dalla morte gli altri ragazzi imprigionati nella montagna irradiando tutti i suoi abitanti. Sentendosi in colpa per ciò che è successo, Clarke decide di abbandonare la sua gente. Intanto il cancelliere Jaha riesce a raggiungere la Terra all'interno di un missile e parte con un gruppetto di suoi seguaci alla ricerca della "Città della Luce", che non sarà affatto ciò che si aspettava.