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Nella terza stagione verranno rivelati dei segreti riguardanti la Forza e la profezia del prescelto. Vengono introdotte le Sorelle della Notte di Dathomir, con a capo Madre Talzin, cui si unisce Asajj Ventress. Quest'ultima era stata lasciata dal suo padrone, il Conte Dooku, costretto da Darth Sidious che temeva la crescente abilità di Ventress. Tornata su Dathomir, l'ex sicaria sceglie come nuovo allievo Savage Opress, un guerriero della stessa razza di Darth Maul. Ventress prende come allievo Savage Opress ma questi, coinvolto in un letale gioco di vendette tra Asajj e Dooku, fugge via per andare alla ricerca di suo fratello Maul. Nell'arco narrativo di Mortis, Obi-Wan, Anakin e Ahsoka vengono attirati con la loro astronave su un pianeta che rappresenta la forza, Mortis. Il pianeta è abitato dal Padre, che vuole assicurarsi che Anakin sia veramente il prescelto, secondo la profezia, destinato a riportare equilibrio nella Forza. Skywalker deve affrontare le tentazioni del Figlio (il quale rappresenta il Lato Oscuro), che gli farà vedere il suo futuro e ciò che diventerà per far sì che il Jedi si unisca a lui, fino a quando il Padre non fa dimenticare tutto ad Anakin sacrificandosi per fermare i piani del Figlio. Nell'episodio La Cittadella, Obi Wan, Anakin e Ahsoka si recano in missione sull'Orlo Esterno dove liberano dalla Cittadella, una prigione separatista, il maestro Jedi Even Piell e il capitano Wilhuff Tarkin (in seguito divenuto Gran Moff Tarkin). Nell'ultima puntata della stagione, fa la sua prima e unica comparsa nella serie lo wookiee Chewbecca.