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Il lungometraggio è composto da un prologo, tre racconti e un epilogo legati insieme da una sottoTrama che vede Kida come protagonista.

Primo episodio
Una nave sta solcando i mari del Nord, quando all'improvviso viene attaccata da un Kraken. Ad Atlantide intanto Kida, divenuta regina, racconta i fatti avvenuti nel primo film, mentre sta ammirando con Milo la ricostruzione di Atlantide quando all'improvviso si sparge l'allarme di un possibile attacco; Milo tranquillizza tutti dicendo che in realtà quelli che sono apparsi come nemici sono in realtà i suoi vecchi amici, il signor Whitmore, il dott Dolce, Audrey, Molière, Cookie, la signora Packard e Vinny.

Appena arrivati Whitmore informa Milo di ciò che è accaduto nei mari del Nord e lo informa che il colpevole potrebbe essere il Leviatano, il mostro neutrale a guardia di Atlantide. Preoccupato per ciò Milo insieme ai suoi amici e Kida decide di partire ma durante i preparativi per la partenza Milo viene attaccato dal Kraken, capendo che il Leviatano è innocente; sta sprofondando con la sua capsula ma un intervento tempestivo di Vinny lo salva. Una volta riemerso giunge presso Krakenstad, un villaggio norvegese di pescatori che sembra abbandonato; qui Milo viene esortato dal giudice Edgar Volgud ad abbandonare il paese ma visto il suo rifiuto il magistrato lo indirizza alla locanda della signora Inger Eliassen. Qui Milo scopre che tutta la felicità che un tempo regnava a Krakenstad è stata offuscata da Volgud e finché il suo potere non sarà annientato nulla cambierà; ancora una volta è esortato a partire. Incuriosito da ciò che la signora Eliassen gli ha confidato, Milo decide di investigare e così nottetempo segue Volgud fino a una grotta. Mentre stAnno camminando, Audrey cade in un burrone ma Milo le afferra prontamente da una mano; tuttavia Audrey indossa dei guanti che si sfilano e la fAnno cadere nuovamente, ma un intervento risolutivo di Molière salva la ragazza da morte certa. La scena si sposta nella locanda della signora Eliassen. Qui Volgud le ordina di bruciare tutti gli effetti degli stranieri ma essendo sorpreso a dire ciò da Vinny decide di andarsene. Milo chiede maggior informazioni a proposito del giudice e la donna, non riuscendo più a tacere, racconta che un tempo Krakenstad fu colta da una terribile carestia di pesce e che nel giro di poco tempo sarebbe perita. Il giudice fece allora un patto col diavolo: se egli avesse restituito a Krakenstad il pesce lui gli avrebbe mandato tutte le anime delle persone morte. E così fu: il diavolo restituì il pesce ma mandò un Kraken, che è chiamato anche "pesce del diavolo" a Krakenstad e da quel giorno nessuno poté più andarsene. Detto ciò Milo e i suoi compagni raggiungono una grotta, dove scoprono che Volgud può "dominare" e controllare il Kraken. Qui Audrey viene ipnotizzata dal giudice e catturata dal Kraken ma, grazie a un intervento da parte della squadra, si salva. Successivamente, nel tentativo di bloccare il Kraken nella grotta sottomarina, anche Vinny viene ipnotizzato: si scopre quindi che in realtà non è Volgud ad avere potere mentale sul Kraken ma quest'ultimo a poter ipnotizzare le persone a proprio piacimento. La bestia viene infine annientata dalla squadra, assieme al giudice, la cui vita era legata all'esistenza del Kraken. Finalmente libera dal governo di Volgud, la popolazione di Krakenstad può vivere felice e serena.

Piccola nota in origine era previsto un finale aperto, in alcune versione dvd nel primo episodio quando i nostri eroi lasciano il villaggio viene mostrato tra le braccia di Inger Eliassen un piccolo kraken, segno evidente che doveva essere previsto un 3 atlantis che fu poi cancellato.

Secondo episodio
Dopo essere tornati a casa del signor Whitmore, il dottor Dolce li avvisa via radio che nel sud-ovest era successo qualcosa di strano. Giunti nell'ospedale dove lavora il dottore, trovano il signor Sam McKeane che racconta di essere stato travolto da un branco di coyote fatti di sabbia. Successivamente il dottore dà a Kida un amuleto Atlantidese, che McKeane aveva trovato in un vaso dentro una cassa all'interno della sua baracca. Arrivati nella baracca, la trovano piena di sabbia e con i vetri e le pareti levigati, ma senza neanche l'ombra della cassa contenente i vasi. La squadra avvisa McKeane che la cassa è scomparsa, e così il vecchio ipotizza che quest'ultima potrebbe esser stata rubata dal signor Carnaby, proprietario di un emporio in città. Entrati nell'emporio Kida trova una statuetta di un guerriero di Atlantide modificato con disegni Nascioni. Carnaby, dopo aver sentito la parola "compro" spunta fuori dal nulla e fa pagare la statuetta a Kida. Milo chiede allora a Carnaby se sa qualcosa sulla cassa rubata a Sam McKeane (senza specificare il contenuto della cassa). Carnaby risponde che McKeane ha la tendenza di raccontare storie e che se gli è stata rubata una cassa di terrecotte non è un problema suo. Dopo essere usciti dall'emporio Milo si chiede come Carnaby sapesse che la cassa conteneva terrecotte. Mentre la squadra sta attraversando in macchina il deserto incontra un uomo. Dopo averlo superato una volta lo rincontra una seconda volta, e si chiede come fosse possibile; lo rincontrano ancora, ma questa volta è al centro della strada e Audrey è costretta a frenare. I sei chiedono al misterioso indiano, di nome Chakashi, se vuole un passaggio. Mentre sono in macchina vengono assaliti dai coyote di sabbia che cercano di mandarli fuori pista. Subito dopo Chakashi scompare e si ritrovano di nuovo all'emporio dove vedono Carnaby nascondere qualcosa nel suo furgone. Scoprono che è la cassa di McKeane grazie all'analisi veloce del terreno effettuata da Moliere, perché la stessa composizione del terreno l'aveva trovata nella baracca di McKeane. Inoltre, grazie alle cose interne del vaso riesce a capire anche dove McKeane ha trovato le terrecotte.

Dopo circa una giornata giungono in un tunnel dove si nascondono nuovamente dai coyote. Dopo aver percorso il tunnel si ritrovano in mezzo a dei ruderi dove Kida scopre opere che testimoniano la permanenza di Atlantidesi in quella zona. Lì Carnaby addormenta tutti con dei gas soporiferi. Dopo il risveglio si ritrovano legati e con una dinamite accesa. Obby (il cane di lava) si sveglia e si libera, subito dopo libera Milo che cerca di spegnere la dinamite, ma Carnaby lo ostacola e la dinamite esplode. Mentre Carnaby cerca di spaccare un vaso sulla testa di Milo, Kida insieme agli altri lanciano una pietra sul vaso e lo spaccano. Dopo i coyote trasformano Carnaby in un loro simile loro e scoprono che Chakashi è lo spirito dei venti dei Nascioni. Chakashi dice loro che sono persone buone ma non può farli andare via con un segreto simile, potrebbero rivelarlo, quindi Kida gli dice che anche loro hAnno un segreto da mantenere e allo stesso modo potrAnno mantenere il suo, Chakashi chiede loro di rivelarglielo ma Milo risponde che non possono. Chakashi li conduce su un'altura e gli dice che rivelandogli il loro segreto avrebbe capito che non avrebbe potuto affidargli il suo e li lascia sull'altura.

Terzo episodio
Dopo pochi giorni, nel bel mezzo di una tempesta invernale, ritornano a casa di Whitmore che gli rivela che la notte precedente ha subito un furto, gli avevano rubato una potente lancia Norvegese, che in realtà secondo il diario del vecchio pastore in possesso di Milo, era una lancia Atlantidese che aveva un potere immenso. Whitmore afferma di conoscere il colpevole, cioè Erik Hellstrom: uomo ricco e importante e concorrente di Whitmore, che era interessato alla lancia, per dare inizio a Ragnarok, cioè la fine del mondo. Whitmore spiega che Hellstrom creò il suo impero con le navi da crociera e acquistò in seguito il castello più grande della scandinavia, chiamato da lui stesso Asgard. Sia la stampa che lo stesso Hellstrom gli piaceva considerarsi un moderno Odino vivendo nel lusso. Tuttavia il crollo della borsa colpì fortemente i suoi interessi, perdendo così i suoi milioni, il suo impero e il suo potere, riducendolo molto probabilmente in povertà. Whitmore sostiene che tutto questo sembra avere fatto impazzire Erik Hellstrom autoconvintosi di essere davvero il dio Odino Norvegese. Arrivati in Islanda, videro il castello sospeso su una montagna che più tardi si rivela un gigante di ghiaccio che fa cadere l'aereo. Usciti dal velivolo il gigante li congela e li porta dal perfido Hellstrom che, dopo averli scongelati, gli dà il benvenuto "nella sala del trono di Odino". Milo gli dice che quella lancia ha un potere immenso e che potrebbe distruggere il mondo e "Odino" lo scambia per Loki l'imbroglione e lo butta a terra con una magia. Infine Kida cerca di farlo ragionare, ma invano. Infatti Hellstrom la scambia per Brunilde, sua figlia. E dopo aver fatto cadere Milo e gli altri nell'"abisso profondo" (un tunnel che attraversa tutte le viscere del castello), veste Kida come una valchiria. Intanto Moliere scava un altro tunnel per risalire e Kida, dopo averli visti, va insieme a Hellstrom nel vulcano, dove egli risveglia il signore del fuoco. Hellstrom, mentre lottava con Milo che insieme agli altri ha usato la porta del castello come slitta ed è arrivato al vulcano, ha perso la lancia e il signore del fuoco l'ha presa. Dopo essere uscito dalle viscere della terra usa la lancia insieme al signore del ghiaccio per riempire i cieli di fiamme e la Terra di ghiaccio. Milo chiede a Vinny due bombe e le posiziona una nel vulcano e una sulle montagne ghiacciate. Quando le fa esplodere il signore del ghiaccio viene colpito dalla lava fuoriuscita da sotto il ghiaccio e il signore del fuoco dalla frana di ghiaccio causata dalle montagne. Quindi iniziano a lottare e la lancia gli scappa di mano. Kida la prende e fa cadere il castello su di loro sventando così la minaccia. Milo e i suoi compagni provando una nota di tristezza per quello che è capitato a Hellstrom decidono di portalo con loro per portarlo in una clinica dove potrà essere curato. Tornati ad Atlantide, con la lancia fa ritornare in superficie la città, più del primo film, sotto il sole completo.