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Il film è raccontato attraverso il punto di vista di Timon e Pumbaa attraverso il dispositivo letterario conosciuto come cornice narrativa. I due vengono mostrati mentre guardano l'originale Il re leone e si vedono le loro silhouette che commentano il film, in uno stile quasi identico a quello di Mystery Science Theater 3000. I due fermano in fretta il film e lo riavvolgono in modo da poter mostrare il loro lato della storia, fermando di tanto in tanto il filmato per parlare tra loro.

Timon mostra a Pumbaa il suo background storico, rivelando di essere un emarginato nella sua colonia di suricati alla periferia delle Terre del Branco. Pur venendo sostenuto dalla madre, Timon desidera di più nella vita e lascia la colonia dopo che i suricati e suo zio Max vengono quasi mangiati dalle iene Shenzi, Banzai e Ed. Timon incontra il mandrillo Rafiki che gli consiglia di trovare il suo posto nel mondo attraverso l'Hakuna Matata e di "guardare oltre ciò che vede". Dopo aver osservato la Rupe dei Re in lontananza e aver deciso di avventurarsi là, Timon si aggira per l'erba alta e incontra Pumbaa per la prima volta e i due diventano amici molto rapidamente.

La coppia arriva alla Rupe dei Re durante la presentazione di Simba agli animali delle Terre del Branco. Tuttavia, Pumbaa informa Timon di sentirsi a disagio tra la folla, ed emette del gas causando un'esplosione che tramortisce alcuni degli animali, facendo in modo che il resto di loro si inginocchi. Timon si rende conto che questo è il "potere speciale" di Pumbaa che gli fa allontanare gli animali, come avevano brevemente accennato al loro primo incontro. Timon e Pumbaa quindi cercano diversi altri luoghi in cui vivere, intercettando gli eventi importanti del film. Rimangono infine intrappolati nella fuga degli gnu dove Mufasa trova la morte, ma sopravvivono dopo essere caduti giù da una grande cascata e aver trovato una vasta giungla dove decidono di fare la loro casa. Timon poi viene a sapere della filosofia dell'Hakuna Matata di Pumbaa, abbracciandola al meglio. Tuttavia, un giorno i due trovano Simba e lo crescono come proprio, nonostante gli effetti negativi dell'Hakuna Matata.

Anni dopo, Nala appare dopo aver inseguito Pumbaa e si ricongiunge con Simba. Timon e Pumbaa cercano di evitare che i due leoni stiano insieme, ma alla fine non riescono nel loro piano. Vedono poi Simba fuggire dopo la sua lite fuori campo con Nala e Timon festeggia, mentre Pumbaa si sente colpevole. Più tardi, Nala appare spiegando a loro due dove è andato Simba, dopo che Rafiki aveva spiegato che era fuggito per sfidare Scar. Dopo che Nala va a seguire Simba, Pumbaa litiga con Timon, che è arrabbiato per l'abbandono di Simba ed egoisticamente dichiara che ha tutto quello che voleva nella giungla, ma quando Pumbaa se ne va, la solitudine comincia a sopraffarlo. Rafiki appare a Timon ma il suricato gli impedisce di parlare e mentre finge di avere una conversazione tra lui e il mandrillo (imitando quest'ultimo), Timon si rende conto che il suo Hakuna Matata non è una casa, ma l'amicizia, spingendolo a seguire i suoi amici.

Timon si riconcilia con Pumbaa e i due si perdonano l'un l'altro, prima di rimettersi in cammino per la Rupe dei Re. Dopo aver aiutato Simba e Nala, Timon e Pumbaa eludono le iene e incontrano la madre di Timon e lo zio Max che sono venuti in cerca di Timon (dopo che la madre aveva incontrato Rafiki in precedenza). Volendo aiutare Simba, Timon propone di sbarazzarsi delle iene utilizzando i tunnel. Mentre Simba combatte Scar, la mamma e lo zio Max costruiscono una serie di tunnel sotto di loro e Timon e Pumbaa utilizzano varie tattiche per distrarre le iene. Quando i tunnel sono finiti, Max abbatte rapidamente i bastoni per far crollare il terreno; tuttavia, l'ultimo di questi si blocca e il piano fallisce. Messo nuovamente con le spalle al muro dalle iene, Timon si immerge sottoterra e mentre le iene si avvicinano ai suoi compagni si affretta velocemente a rompere i bastoncini rimanenti, salvando la sua famiglia e la Rupe dei Re. Subito dopo, Scar viene gettato fuori della Rupe dei Re da Simba e cade nello stesso posto delle iene, che lo uccidono per averle tradite. Simba accetta il suo posto come re delle Terre del Branco, ringraziando Timon e Pumbaa per averlo aiutato. Timon porta la madre, lo zio Max e la colonia di suricati a vivere nella giungla, rendendosi conto che il suo vero Hakuna Matata è la famiglia. I suricati e Pumbaa festeggiano con Simba, lodando Timon come loro eroe per aver trovato loro un rifugio bello e sicuro e per averli liberati per sempre delle iene. Nella scena finale del film, la mamma di Timon, lo zio Max, Simba, Rafiki e tanti altri personaggi Disney in silhouette che non fAnno parte del film si uniscono a Timon e Pumbaa per rivedere il film nel cinema. Pumbaa poi informa Timon di sentirsi ancora a disagio tra la folla.