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Jaeger Clade e suo figlio Searcher sono avventurieri che sfidano la natura selvaggia per esplorare nuovi mondi. Durante il tentativo di attraversare una montagna che circonda la terra di Avalonia, Searcher scopre una pianta che emana energia chiamata Pando. Jaeger insiste per continuare la ricerca, ma Searcher e il resto della spedizione credono che il Pando sia una scoperta sensazionale che li renderà famosi. Jaeger continua quindi la sua spedizione da solo senza più ritornare. 25 anni dopo, Searcher si è fatto un nome grazie al Pando ed è diventato un agricoltore famoso dato che il suo Pando viene usato come risorsa di carburante per Avalonia. Si è sposato con la collega Meridian e hAnno un figlio di nome Ethan che si imbarazza ogni volta che Searcher cerca di parlare con Diazo, il ragazzo di cui è innamorato.

Un giorno, Callisto Mal, il sindaco di Avalonia, si presenta su una gigantesca nave volante chiamata Venture. Informa i Clade che il Pando sta perdendo il suo potere e che hAnno bisogno di Searcher per trovare la causa. Si unisce quindi a lei una nuova squadra di spedizione e viaggiano in una gigantesca dolina dove sono state individuate le radici giganti del Pando. Durante la discesa, Meridian si accorge che Ethan e il loro cane Legend si sono intrufolati a bordo della nave. Vengono attaccati da creature simili a viverne e continuano a scendere finché non sfondano la crosta sensibile e finiscono in un mondo sotterraneo. Durante l'incidente, Searcher e Legend vengono separati dal gruppo.

Mentre inseguono una bizzarra creatura multitencolare a cui viene dato in seguito il nome di Splat, Searcher e Legend vengono salvati da Jaeger che ha vissuto sottoterra per tutti questi anni. Rivela che ha cercato di andare oltre la montagna, ma è rimasto bloccato sotto al suo interno dopo essere sopravissuto ad un lago acido e corrosivo. Decide di aiutarli a cercare la Venture come mezzo per attraversarlo. Nel frattempo il gruppo cerca di preparare la nave, ma Ethan si allontana di soppiatto per trovare suo padre e incontra Splat facendoci amicizia. Finiscono per essere attaccati da pericolose creature multitentacolari mentre si ricongiungono con Searcher e Jaeger, ma vengono presto salvati da Meridian e Callisto che sfuggono ad essi e tornano alla Venture.

Searcher insiste per completare la loro missione mentre Jaeger vuole continuare a viaggiare attraverso lo "Strano Mondo". Callisto accetta di aiutare a riparare la nave in modo che possano continuare il viaggio. Durante questo periodo, Ethan si rende conto che Searcher e suo padre non hAnno un buon rapporto e ne rimane frustato. Dopo un altro folle incontro, Searcher e Jaeger hAnno finalmente una conversazione a cuore aperto tra loro e si rendono conto che devono rispettare gli obiettivi reciproci nella vita. Alla fine incontrano un ammasso di radici da dove si trova il Pando mentre viene attaccato dalle creature simili alle viverne. Credendo che il Pando stia reagendo, decidono di provare ad aiutarlo.

Successivamente i due hAnno un'altra discussione che finisce con Ethan che se ne va furioso. Searcher lo segue a bordo di un piccolo veicolo volante, ma mentre stAnno facendo pace, si rendono conto che stAnno fluttuando sopra un oceano e davanti a un occhio gigante con sopra una montagna. I due si rendono quindi conto che la terra di Avalonia è stata sul Spina di una creatura gigante e che hAnno viaggiato all'interno del suo corpo, il che significa che le creature che ci abitano dentro sarebbero le sue cellule e che il Pando la sta devastando. Tornano indietro per informare tutti a riguardo, ma nessuno gli crede con Jaeger che se ne va furioso mentre Callisto e la sua squadra rinchiudono i Clade per impedire loro di interrompere la missione. Fortunatamente, Legend e Splat liberano la famiglia.

Searcher ed Ethan si dirigono verso l'enorme radice, che in realtà è il cuore, mentre Meridian prende il controllo della nave e alla fine convince Callisto. Jaeger, dopo aver cambiato idea, ritorna e insieme al figlio e al nipote distrugge il Pando. Successivamente le cellule riappaiono e riportano in vita il cuore, salvando la terra di Avalonia, ma perdendo la fonte di energia Pando. Un Anno dopo, Ethan ha una relazione con Diazo mentre lui e i loro amici raccolgono risorse dallo Strano Mondo, Avalonia passa dall'energia di Pando alle turbine eoliche, Jaeger rivisita la sua ex moglie che si è risposata e il rapporto tra quest'ultimo e il figlio è migliorato. Inoltre alla fine viene mostrato che la creatura su cui i protagonisti abitano ha la forma di una tartaruga gigante.