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Circa 200.000 anni fa la Terra subì un principio d'invasione da parte degli Azariti, popolo extraterrestre con progetti di conquista e dominio. Tuttavia, essi non riuscirono a concretizzare i loro piani, mentre i terrestri formavano le prime comunità e riuscivano a sopravvivere alla vita preistorica. Rimasero però sul pianeta alcuni superstiti degli Azariti, che si rifugiarono nelle profondità marine.

Ai giorni nostri anni 70 la razza aliena, guidata dal capitano Brain, torna per impadronirsi della Terra, servendosi di un'avanzata tecnologia e di giganteschi mostri, ibridi sintetizzati a metà fra animali e vegetali e con parti meccaniche di sostegno. Dopo aver esposto inutilmente ai governi del pianeta la minaccia degli Azariti e rimasto inascoltato, il professore giapponese Kazuki affida il compito di salvare il pianeta al giovane Takeru, esperto di karate, ed alla propria figlia Mai, entrambi dotati del potere dato dal magnetismo. I due, unendosi, diventano il robot magnetico Gakeen che combatterà il popolo invasore.