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La storia è ambientata nella seconda metà del XXI secolo. L'umanità, finalmente prospera e pacificata sotto la guida di un unico governo mondiale, ha iniziato a colonizzare il sistema solare. Ad un tratto tutto però viene sconvolto. Nell'Anno 2052 la Terra è invasa dagli alieni del pianeta Gotham, giunti nel sistema solare a bordo di un enorme satellite che accoglie 200 milioni di persone. Grazie ad uno speciale dispositivo, il satellite artificiale inizia a orbitare attorno alla Terra, sbilanciandone l'asse di rotazione e provocando numerose catastrofi naturali, mentre gli alieni aggravano ulteriormente la situazione con i loro attacchi, iniziando a stabilire le loro basi sul pianeta. Durante un'incursione aliena, Makoto Kusaka, il protagonista, perde il padre, l'esimio scienziato Kenshiro Kusaka, che però prima di morire gli consegna uno strano ciondolo e un nome da tenere a mente: Blue Noah. Makoto riesce ad allontanarsi a bordo di una nave insieme ad alcuni compagni di università e a una ragazza, Kei, in cerca di un'isola indicatagli dal padre in punto di morte. Giunti a destinazione, uno dei giovani tuffatosi in mare viene risucchiato da un gorgo, seguito ben presto dagli altri. I ragazzi si ritrovano così di fronte a una grande porta blindata in una grotta. Makoto, grazie al ciondolo lasciatogli dal padre, riesce ad aprirla e, proseguendo, scopre di essere entrato in quel che appare come un enorme sottomarino. Azionando un comando vocale il mezzo emerge dalle acque dell'isola rivelandosi per quello che invece è in realtà: la portaerei Blue Noah.