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In principio c'era solo l'Oceano, finché non emerse l'isola madre Te Fiti. Il suo cuore, una piccola pietra verde, aveva il più grande potere magico mai conosciuto: creare la vita. Col tempo però, in molti cominciarono a bramare l'enorme potere del cuore di Te Fiti, finché un giorno il semidio e mutaforma Maui attraversò l'oceano per rubarle il cuore, con lo scopo di donare il cuore di Te Fiti all'umanità affinché anche gli umani ottenessero il potere di creare la vita. Tuttavia, non appena Maui sottrasse il cuore a Te Fiti, l'oscurità cominciò ad espandersi per l'oceano e lo stesso Maui, durante la sua fuga, fu costretto a scontrarsi con un demone di lava, Te Kā, anche egli desideroso di ottenere il cuore. Durante lo scontro però, Maui perse sia il cuore che il suo amo, un dono degli dei che permette le sue trasformazioni, e scomparve misteriosamente.

Mille anni dopo, la piccola Vaiana Waialiki, figlia ed erede del capo della piccola isola polinesiana di Motunui, viene scelta dall'Oceano stesso per ripristinare il cuore della dea. Crescendo, suo padre Tui le insegna che l'isola ha tutto ciò di cui necessita il suo popolo; purtroppo, anni dopo i pesci cominciano a scarseggiare e la vegetazione a marcire; a quel punto Vaiana propone al padre di superare il reef per trovare più pesce, ma Tui, memore di una brutta esperienza in cui morì il suo migliore amico, respinge duramente questa proposta, e proibisce a chiunque di navigarvi oltre. Tala, nonna paterna di Vaiana e "matta del villaggio", mostra così alla nipote una grotta segreta nascosta dietro ad una cascata, dove Vaiana rinviene vecchi relitti di barche che suggeriscono un passato in cui gli antenati degli isolani erano navigatori. Tala consegna così alla nipote il cuore di Te Fiti, conservato sin dal momento in cui Vaiana venne scelta dall'Oceano, e le spiega che l'oscurità liberata da Maui sta cominciando a consumare anche la sua isola. Poco dopo, Tala viene colta da un malore e, prima di morire, sussurra alla nipote di partire alla ricerca di Maui.

Vaiana parte così in compagnia del pollo domestico HeiHei, ma l'imbarcazione viene travolta da un tifone. La mattina seguente, Vaiana si risveglia sull'isola abitata da Maui, il quale cerca di intrappolarla in una caverna per appropriarsi della sua barca ed andare così alla ricerca del suo amo da pesca; Vaiana fugge dalla caverna e prova a convincere Maui a restituire il cuore, ricevendo un netto rifiuto, dato che Maui teme che il potere della pietra possa attirare creature oscure. Infatti, poco dopo compaiono i Kakamora, piccoli pirati rivestiti da noci di cocco, i quali assalgono la barca e rubano il cuore, nel frattempo ingoiato da HeiHei, che viene prontamente recuperato.

Maui acconsente a ripristinare il cuore di Te Fiti, ma solo dopo aver ritrovato il suo amo da pesca (grazie al quale può trasformarsi e compiere magie) a Lalotai, il Regno dei Mostri, dove viene conservato da Tamatoa, un gigantesco granchio del cocco che colleziona oggetti preziosi. Dopo aver ingannato Tamatoa ed aver riottenuto l'amo da pesca, il viaggio prosegue con Maui che insegna a Vaiana a salpare e navigare seguendo le stelle. Vaiana chiede a Maui cosa intendesse dire Tamatoa riguardo ad un suo drammatico passato; Maui non intende parlarne, ma infine ammette di essere nato umano, che i suoi genitori non lo volevano e lo gettarono in mare (fatto rappresentato in un tatuaggio che tiene sempre coperto con i capelli), e che venne salvato e divenne un semidio grazie all'intervento degli Dei: Vaiana comprende che questo è il motivo per cui ha sempre cercato di accontentare gli esseri umani (alzando il cielo, donando il fuoco, rallentando il sole, imprigionando i venti, creando le palme e così via).

Una volta arrivati presso Te Fiti, vengono attaccati da Te Kā. Maui viene sopraffatto, e Te Kā danneggia gravemente il suo amo da pesca, scagliando la barca lontano. Adirato dal fatto che combattere nuovamente contro Te Kā potrebbe significare la distruzione del suo amo da pesca, Maui abbandona Vaiana, dicendole che con lei l'Oceano ha sbagliato persona. Sconvolta, Vaiana implora l'Oceano di riprendersi il cuore e scegliere un'altra persona per restituirlo a Te Fiti. Lo spirito di Tala (reincarnatasi in una manta) e dei suoi antenati incoraggiano Vaiana, la quale torna da Te Fiti. Maui, pentitosi, decide di tornare per distrarre Te Kā, nonostante sappia che l'amo da pesca verrà distrutto nella battaglia. Giunta sulla cima di Te Fiti, Vaiana, incredula, scopre che l'isola non c'è più, e che di lei è rimasta solo l'impronta. Osservando da lontano nota un segno circolare sul petto di Te Kā. Vaiana realizza infine che Te Kā altri non è che Te Fiti stessa senza più il suo cuore, ed è infine impazzita. Vaiana chiede quindi all'Oceano di creare un passaggio affinché Te Kā possa avvicinarsi a lei, poi canta una canzone chiedendo a Te Kā di ricordarsi chi sia veramente. Il demone di fuoco si calma al canto di Vaiana permettendole così di restituirle il cuore e Te Fiti riacquista la sua forma originaria. La dea inizia subito a far ricrescere la vita e la vegetazione consumate dalla rovina. Maui è dispiaciuto per quello che ha fatto chiedendo perdono a Te Fiti per averle rubato il cuore. La dea in segno di gratitudine, dona una nuova barca a Vaiana e un nuovo magico amo da pesca a Maui, prima di ritrasformarsi in un'isola tornando a dormire. Infine, sul corpo di Maui compare un nuovo tatuaggio raffigurante Vaiana navigatrice. Una volta tornata a Motunui, Vaiana fa sì che gli abitanti dell'isola si riapproprino del loro passato, ricominciando a viaggiare e salpare alla ricerca di nuove isole, accompagnati da Maui (trasformatosi in un falco) e da Tala (in forma di manta).

Nella scena dopo i titoli di coda, si vede Tamatoa ancora capovolto dopo la fuga di Vaiana e Maui che canta tristemente, dopodiché rompe la quarta parete rivolgendosi al pubblico affermando che se si fosse chiamato Sebastian e avesse parlato con un accento giamaicano, la gente avrebbe fatto a gara per aiutarlo.