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Hikaru Shido, Umi Ryuzaki e Fu Hooji (nella versione italiana dell'anime Luce, Marina e Anemone) sono in gita con le rispettive scuole di appartenenza alla Tokyo Tower. Sulla torre le tre ragazze, dopo aver sentito una misteriosa voce invocare i leggendari Cavalieri Magici, si ritrovano a precipitare nel vuoto. Salvate da Clef, un potente mago che, nonostante il suo aspetto da bambino, ha 745 anni, le ignare ragazze sono informate da quest'ultimo che si trovano a Cefiro, un mondo sorretto dalla sola forza di volontà. A capo di esso si trova la cosiddetta Colonna Portante, una persona che con le sue preghiere mantiene l'ordine e la pace. L'attuale Colonna, la principessa Emeraude, è stata però rapita dal sacerdote Zagato e Cefiro è sprofondato nel caos. Il loro compito sarà quindi quello di liberare la principessa con l'aiuto dei Geni Managuerrieri (魔神 Mashin?), ossia degli spiriti che solo i Cavalieri Magici sono in grado di risvegliare e controllare.