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La serie si divide in due parti, di cui la prima è un filler e la seconda il continuo della Trama principale.

Nella prima parte, le nostre eroine dovrAnno fronteggiare gli alieni Ail e An, che per sopravvivere devono fornire linfa vitale all'albero che li tiene in vita continuamente: questa linfa è l'energia umana.

Nella seconda parte arriva dal futuro la piccola Chibiusa, futura figlia di Usagi e Mamoru, nonché principessa del regno di Crystal Tokyo, di cui i due ragazzi sarAnno i sovrani col nome di Neo-Queen Serenity e King Endymion. La bambina è tornata indietro nel tempo ai giorni nostri per farsi aiutare dalle Guerriere Sailor del presente e dalla sua futura mamma, poiché un gruppo di sovversivi facenti parte del Clan Black Moon, capeggiati dal Principe Demand, in realtà plagiato dal crudele Wiseman, vogliono rapirla e distruggere il pacifico equilibrio di Crystal Tokyo, impossessandosene e non permetterle di salire al trono.