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Nel primo arco narrativo Lupin III e Daisuke Jigen vivono in un appartamento a Riquewihr dove indagano su un sito del dark web chiamato "Marco Polo", dove si possono comprare cose come droga e armi da fuoco. Per rubare una moneta digitale, Lupin invade un enorme server strettamente sorvegliato chiamato Due Torri alla ricerca della misteriosa hacker Ami Enan. Lupin affronterà la trappola di Marco Polo con Ami che però nasconde un intrigante mistero che piano piano verrà a galla.

Nel secondo arco Lupin viene in possesso di un taccuino nero contenente informazioni estremamente delicate su personaggi politici di alto livello, che lo rende un bersaglio per lo spietato direttore della DGSE e per Albert d'Andrésy, un furbo criminale ed ex socio di Lupin che si nasconde dietro la facciata di un onesto funzionario governativo.

Nel terzo arco Lupin intende rubare la Lacrima Insanguinata, un tesoro nazionale del regno sud-est asiatico di Padal indossato dalla sua principessa reale, Dolma, la quale ha stretto amicizia con Ami. Quando un golpe minaccia la vita di Dolma, Ami si riunisce con Lupin per salvarla.

Il quarto arco vede un'ultima riunione tra Lupin e Ami contro la Shake Hanz, un losco conglomerato informatico il cui obiettivo è il dominio del mondo attraverso un monopolio esclusivo per il cyber-traffico e l'uso di internet e che ha tirato le fila di alcuni degli exploit di Lupin nella serie.