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Per l'umanità il momento è delicato. I mutanti, esseri il cui DNA è corredato da un gene X che garantisce loro poteri sovrumani, sono in procinto di sopravanzare l'uomo. Il senatore Kelly, preoccupato, cerca di far approvare dal congresso degli Stati Uniti una legge che permetta la schedatura di tutti gli esseri sui quali sia stato riscontrato un gene mutante. L'iniziativa scatena violente reazioni sul fronte dei mutanti, che si dividono in due fazioni. Da un lato la Fratellanza dei mutanti, con a capo Magneto, che non ha intenzione di farsi schedare come bestiame ed è pronta a combattere la guerra contro l'umanità. Dall'altra c'è il gruppo guidato dal professor Xavier, paraplegico, che si sforza di cercare una via di convivenza con gli umani. In attesa di questa soluzione però i suoi uomini vivono come terroristi.