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Shinichi Kudo è un liceale di 17 anni e, nonostante la giovane età, è un abilissimo investigatore che spesso collabora con la polizia risolvendo casi molto complicati. Grande fan di Sherlock Holmes, sogna di emularne le gesta e di diventare "l'Holmes del nuovo millennio". Un giorno, recatosi con l'amica d'infanzia Ran Mori al Tropical Land, un parco divertimenti, assiste in prima persona a un sanguinoso caso di omicidio sulle montagne russe riuscendo, poco dopo, a risolverlo e a smascherare il colpevole. Prima di tornare a casa assiste allo scambio di un'ingente somma di denaro tra due uomini; uno di loro è vestito completamente di nero e fa parte di una misteriosa organizzazione criminale, che Shinichi chiama semplicemente Organizzazione nera. Preso da ciò che sta accadendo davanti ai suoi occhi Shinichi non si accorge dell'arrivo alle sue spalle di un altro affiliato e finisce per essere scoperto e catturato; essendo un testimone scomodo i due uomini decidono di ucciderlo somministrandogli una sostanza chiamata APTX4869 e lo abbandonano privo di sensi. Il farmaco, tuttavia, ha un effetto ben diverso sul giovane: lo ringiovanisce di dieci anni.